真菌广泛存在于自然界，引起人类疾病的真菌有很多种，不同的真菌感染传播的途径有所区别，一般引起临床真菌感染，包括以下几大类：
1、浅表真菌感染，比如皮肤、毛发、指甲的真菌感染，可以通过直接与浅表真菌感染的患者接触，或者共用浴巾、共用拖鞋而引起浅表真菌的感染。
2、吸入真菌感染，比如新型隐球菌可以寄生在鸽子的肠道，鸽子的粪便当中可以含有新型隐球菌，可以污染空气当中的尘埃，如果通过呼吸道吸入，可以引起新型隐球菌的感染。此外，空调如果久置不用，局部也可以有真菌繁殖，如果打开空调之后没有注意清洗，这种情况可以通过吸入真菌引起真菌的感染，通常会表现为过敏性的真菌感染。
3、肠道或者口腔以及阴道寄生的真菌引起了感染，这类的真菌正常状态下可以寄生在我们人体的消化器官或者阴道，当免疫功能低下时或者长期使用广谱的抗菌药物时，导致局部的菌群紊乱可以引起真菌的感染。
4、免疫功能低下的人群引起真菌感染，长期应用免疫制剂或者肿瘤长期应用化疗的药物，或者器官移植应用免疫制剂，或者本身有严重的基础疾病，导致免疫功能低下，可以引起真菌的感染，而且往往可以引起深部真菌的感染，可以导致各个器官的真菌感染，也可以引起系统的真菌感染，这类的真菌感染相对来说病情比较重，如果没有及时诊断和治疗，有一定的病死率。